对于您迟到一小时被算作旷工并扣除三天工资的情况，从法律角度看，用人单位的这一做法是违法的。依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，雇主必须按照合同约定或法律规定及时足额支付工资，不得随意扣除。
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您可以首先尝试与雇主进行沟通，解释您迟到的情况，并要求补发工资。如果沟通无果，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，寻求法律途径解决。选择合适的解决方式时，请根据您的具体情况和对结果的期望做出决策。
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对工资被违法扣除的情况，您可以采取以下措施：1. 与公司的人力资源部门取得联系，明确表达您的异议并要求补发工资；2. 如果公司不予回应，您可以向劳动争议仲裁委员会提交仲裁请求；3. 如果对仲裁结果不满意，您还可以进一步向法院提起诉讼。请记住，这些行动的核心都是为了维护您的合法权益。