新三板协议转让价格需遵循规定。依据《全国中小企业股份转让系统业务规则》，每个转让日有固定成交确认时间。不及时按规定转让，可能影响交易秩序及有效性。
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新三板协议转让价格问题：1. 按规定时间转让，确保交易有效。未在规定时间转让，交易或被视为无效。2. 成交确认申报与定价申报不匹配，将以定价为准成交。3. 申报股票数量不符，将以成交确认的为准，部分未成交则撤单。
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新三板协议转让常见处理为按规则转让。依据《全国中小企业股份转让系统业务规则》，协议转让需遵循时间优先等原则，可部分成交或撤单。选择处理方式时，应考虑交易效率与合规性，优先选用成交确认方式。