担保公司保函与银行保函性质不同。担保公司保函由有资质的企业或法人提供，侧重商业信用；银行保函则由银行出具，依托银行信用。法律依据显示，两者均为合法保证形式，但出具主体与信用基础有异。《担保法》等法规明确了其法律地位，若选择不当，可能影响债权保障效力，造成经济损失。
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处理担保公司保函与银行保函差异的常见方式有比较出具主体资质、审查信用基础及具体条款。选择时，应优先考虑出具机构的信用等级与专业性，银行保函通常信用更高；同时，需详细审查保函内容，确保符合《担保法》等相关法规，避免条款漏洞。根据具体业务需求与风险承受能力，合理选择保函类型。
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担保公司保函与银行保函区别处理：1.确认出具主体：担保公司保函由企业或法人出具，需验证其资质；银行保函由银行出具，信用度更高。2.审查信用基础：担保公司侧重商业信用，银行则依托银行信用，更为可靠。3.核对具体条款：确保保函内容符合《担保法》等法规，明确保证责任、范围及期限。4.选择建议：高风险业务优选银行保函，一般业务可考虑有资质的担保公司保函，需综合评估成本与效益。