单位因未及时回复微信群扣钱不合法，除非造成经济损失。依据《工资支付暂行规定》，用人单位不得无故克扣工资，即使因劳动者原因造成损失，扣发也不得超过当月工资的20%，否则违法。未及时回复微信群一般不属于造成经济损失的情况，因此扣钱可能违法。
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单位扣钱不合法，可采取措施。1.与单位沟通，了解扣钱原因，要求给出合理解释和依据。2.若沟通无果，收集证据，如聊天记录、工资条等，向劳动监察部门投诉。3.若投诉后单位仍坚持扣钱，可申请劳动仲裁，提交证据，等待仲裁结果。4.根据仲裁结果，若仍不满意，可考虑向法院提起诉讼。
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对单位扣钱，可协商、投诉或仲裁。应先与单位沟通协商；协商无果可向劳动监察部门投诉；仍无法解决则可申请劳动仲裁，根据仲裁结果决定是否起诉。