建筑工程总承包合同是总承包商与业主签订的，涵盖整个工程项目的合同；而施工合同是总承包商或业主与具体施工单位签订的，关于工程施工部分的合同。依据《合同法》，两者在合同主体、内容范围及责任上有显著差异。若混淆两者，可能导致工程责任不明确，增加纠纷风险。
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建筑工程总承包合同与施工合同的主要区别在于合同主体和内容范围。处理方式上，需根据具体项目情况选择适合的合同类型，明确各方权责。若项目复杂，建议采用总承包合同；若只需施工服务，可签订施工合同。